1.申请单位填写《申请书》后，同准备的其他的条件一起提交到上级主管部门或所在地的省、自治区、直辖市国防科技工业管理部门或地市级以上保密行政管理部门；
2.经审核同意后，方可有关审查认证机构提出正式申请；
3.审核包括三方面内容：
①《申请书》的填写是否符合《办法》规定填写内容是否属实；
②申请单位是否符合《办法》规定的基本条件申请材料是否符合有关规定；
③申请的保密资格等级是否以承担的科研生产项目或产品涉及的Zui高密级为准；
4.审核部门经审核后，对是否同意申请提出审核意见，加盖印章，并退送申请单位；
5.申请单位将审核同意的《申请书》直接报送到有关保密资格认定办公室，正式提出申请。其中申请一级保密资格的单位直接将《申请书》报送到国家保密资格认定办公室，申请二级保密资格的单位直接将《申请书》报送到所在地省、自治区、直辖市保密资格认定办公室；
6.受理机构收到申请单位《申请书》及相关材料后，对申请材料是否完备，是否符合规定的申请条件进行审查，在5个工作日内作出是否受理的决定：
①受理机构作出受理、不予受理的决定或者要求补正材料的，应当出具书面凭证并加盖专用公章。
②对决定受理的单位，受理机构应当在5个工作日内对申请材料的真实性进行书面审查，通过书面审查的，保密行政管理部门会同共同审批部门，在25个工作日内组成现场审查组进行现场审查。
7.现场审核后，现场审查组组长向申请单位通报审查意见和结论：
①审核不通过，申请单位按照审核意见进行整改;
②审核通过，等待发证。
注:现场审查结果分为“通过”、“不通过”或者“中止”。依据相应等级的保密资格标准及评分标准，满分为500分，达到450分(含)以上为现场审查通过，450分(不含)以下为现场审查不通过审查中发现申请单位达不到《评分标准》所列基本项要求的，中止审查。未通过现场审查的单位，6个月内不受理申请。现场审查中止的，3个月内不重新进行现场审查。