一票否决制
《高新技术企业认定管理工作指引》中关于认定条件，在（二）知识产权中就已经明确“不具备知识产权的企业不能认定为高新技术企业。”知识产权是高企认定的一道门槛，具有一票否决权，没有自主知识产权，其他条件再好，也不能认定为高企。
两级分层制
高企认定中将知识产权划分为I、II两类，除传统的发明、实用新型、软件著作权等之外，将国防专利、国家新药、国家一级中药保护品种等也纳入进来，利好于涉农、涉医药等特殊行业的企业。两级分类的模式，充分考虑了不同知识产权的价值、创造性要求、授权审批严格程度等方面，有利于相关行业的企业充分利用其知识产权、合理维持其高新资质。在高企认定申请中，I类知识产权在有效期限内可以无限制使用，而II类知识产权则只能使用一次。
排他性权属要求
高企认定所使用的知识产权，要求须在中国境内授权或审批审定，并在中国法律的有效保护期内，且知识产权权属人应为申请企业。
注：PCT专利价值很高，但根据本条规则却不能直接作为知识产权用于高企认定，但可作为附件起到增信作用。
核心性要求
知识产权相关技术对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用。所谓主要产品（服务）是指高新技术产品（服务）中，拥有在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，且其收入之和在企业同期高新技术产品（服务）收入中超过50%的产品（服务）。
有效性要求
申请认定时专利的有效性以企业申请认定前获得授权证书或授权通知书并能提供缴费收据为准。该要求明确了专利等有效性的认定标准——书面证明资料。授权通知书对专利有效性的证明力较授权证书弱，缴费收据提供了强有力的辅助。
弱化时效性要求
考虑到知识产权获取的难易程度等因素，《工作指引》弱化了时效性的要求。具体来说，按Ⅱ类评价的知识产权在申请高新技术企业时，使用一次，而对于I类知识产权则没有次数限制。较于旧《管理办法》和《工作指引》的“近三年内取得”而言，其时效性限制弱化。从时效性限制改为次数限制后，Ⅱ类知识产权依然可以使用三年（因为一次高新认定的有效期为三年），而I类知识产权则以其本身的有效期作为限制。知识产权是高企认定申报过程中的核心之一，也是企业核心市场竞争力的表现。企业不仅要注意数量，更要从知识产权类型、与产品相关度、技术先进性等方面抓知识产权的质量。
