1、物理方法
水体生态恢复物理方法主要是指疏挖底泥、机械除藻、引水冲淤和调水等。疏浚污染底意味着将污染物从(河道)系统中清除出去。可以较大程度地削减底泥对上覆水体的污染贡献率，从而改善水质。调水的目的是通过水利设施(如闸门、泵站)的调控引入污染河道上游或附近的清洁水源以改善下游污染河道水质。此类方法往往治标不治本。
2、生态--生物法
包括河道曝气复氧、生物膜法，水体生态恢复哪家好，生物修复法，土地处理法、水生植物净化法。
水体生态恢复的有效应用
今年5月至7月，住房城乡建设部、生态环境部两部门联合组织对除西藏外的30个省份、70个城市的993个黑臭水体，进行逐条现场检查。督查发现，尽管城市黑臭水体整治工作取得初步阶段性进展，但整体进展情况和整治效果参差不齐，河道黑臭水体生态恢复，治理后未有效实现生态修复，导致水质不能稳定保持、黑臭反弹风险很高。
很多项目存在重污染源治理而轻视生态治理；生态修复重视岸坡治理，水体生态恢复治理厂家，未充分重视水体自身生态修复；水体生态修复系统性设计不足等问题。
在生态修复设计中，通过科学、系统的有效技术措施从本质上提升水体自净能力，构建水体生境，才能在污染源治理的基础上长期保障治理效果，真正实现水体不黑不臭、“清水绿岸，鱼翔浅底”的美景，切实提升老百姓的幸福感、获得感。
生态植草沟生态植草沟设置于人行道路一侧，介于人行道路与绿地之间，从上到下依次为植被层、种植土层、砌块砖层、渗排水管和砾石层，收集人行道路上的降雨径流，去除径流污染物，水体生态恢复，就地净化。其中渗排水管一端连接雨水口或溢流井，另一端封闭，可收纳降雨径流、实现错峰调蓄；降雨径流进入砾石层，缓慢下渗可净化水质、补充地下水、减少绿地浇灌用水等。
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