南京企业办理境外投资备案的流程如下1：
在线提交备案申请1：
在南京市依法设立的企业（金融类除外）开展境外投资业务，须在国家商务部统一业务平台提交备案资料。
已有账户用户可以使用原账户登录，由系统自动分配统一账户；首次申请企业，需要先申请统一平台账户，完善国内主体信息后，提交备案申请。
在线填报时需注意经营范围、行业属性、项目简况、项目意义、备案金额等内容的准确填写。
准备纸质材料：
对外投资设立企业或并购相关章程（或合同、协议）。新设公司提供境外公司设立章程（无中文原件的须提供中文翻译件，并加盖公章；未设立企业可由国内主体自行拟定相关章程，并加盖国内主体签章），境外企业已设立企业或合资新设企业需提供境外注册法律文书材料；并购项目须提供境外并购标的方的并购协议等材料（外文文件须附上关键页翻译）。
相关董事会决议或出资决议。境内出资企业的出资决议，需要相关决定人签字并加盖公章，具体要求根据企业架构及性质，视投资主体公司章程约定的法律效应而定。
前期工作落实情况说明（包括尽职调查、可研报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等）。并购类提供尽职调查，须第三方出具（法律事务所或咨询公司等）；非并购类提供可研报告，内容尽量详尽，金额较大的须第三方提供。投资资金来源说明需单独出具（银行贷款须附上银行项目授信；自有资金购汇须附上近期银行水单；自有外汇须附上外汇账户资产证明）。
境外投资真实性承诺书（在线填报时下载填写，须签字并附上身份证复印件，人员应和出资决议一致）。
属于并购类对外投资的，还需在线提交《境外并购事项前期报告表》。
系统申报的企业需按照 “5+2” 要求准备纸质申请材料。“2”指的是《境外投资备案表》或《境外投资申请表》以及营业执照复印件（商务部系统填报后打印）；
提交审核：
将在线打印的备案申请表与纸质材料一并送交至地市级商务主管部门待审。
1 亿美金以下项目，一式 1 份，由地市级审核；1-3 亿美金项目，一式 2 份，地市级审核后报省级审核；3亿美金以上项目，一式 3 份，逐级转报guojiaji审核。
领取证书：地方审核通过后，企业领取证书。
在整个过程中，企业还需注意，按照近期境外投资的监管要求，新备案项目在商务部门办理备案的需要在发改委同步办理项目备案，且商务部门证书内容与发改委项目批文内容需一致，方可通过银行办理资金汇出业务。
