在南京办理三类医疗器械许可证，您需要按照以下步骤进行：
了解法规和要求：了解国家和当地有关医疗器械许可证申请的法规、政策和要求。这可以通过访问南京市食品药品监督管理局的guanfangwangzhan或咨询当地药监部门获得。
准备申请材料：根据要求，准备好所有申请所需的文件和资料，这通常包括企业营业执照、医疗器械生产/经营企业的质量管理体系文件、产品注册证明、产品质量检测报告等。
申请材料审查：将准备好的申请材料提交给南京市食品药品监督管理局，并接受他们的审查。在审查过程中，可能需要提供额外的文件或信息。
现场审核：经过申请材料审查合格后，监管部门会进行现场审核，确保企业的生产/经营环境、设施和质量管理体系符合要求。
发放许可证：如果审核合格，南京市食品药品监督管理局将发放医疗器械许可证。
请注意，具体的办理流程和所需材料可能会根据当地的政策和法规有所变化，建议在申请前与当地的食品药品监督管理局联系，获取Zui新的办理指南和要求。