一、注册前准备工作
1、确定公司名称
2、确定公司经营范围
3、确定注册资本和股东情况
二、预先办理事项
1、在南京市场监督管理局进行公司名称预先核准
2、在银行开立临时公司银行账户
三、办理公司注册
1、准备材料
（1）公司名称预先核准通知书
（2）公司章程
（3）公司股东身份证明
（4）公司经营场所证明
（5）公司注册资本证明
（6）公司组织机构代码证
（7）公司税务登记证
（8）公司法定代表人身份证明
2、在南京市场监督管理局递交注册申请材料
3、缴纳注册费用并领取营业执照
4、办理公司印章
5、在税务局进行税务登记
6、在人力资源和社会保障局进行社会保险登记
7、在质量技术监督局进行质量认证
8、在海关进行进出口经营权登记
9、在银行办理公司常规账户开户手续
四、办理后续事项
1、开始正常经营活动
2、按时申报纳税和缴纳社会保险费
3、定期进行财务审计
4、根据需要办理其他相关许可证或证书
以上就是南京公司注册办理流程的大致步骤，具体要求和流程可能根据实际情况有所变化。在办理过程中，建议咨询专业的律师或注册服务机构，以确保顺利完成注册和后续经营。