目前我国对农民自产自销的农产品免征增值税，对小规模纳税人按销售额的3%核算缴税（一般为定额征收），实际税负很低，甚至基本不缴税。而对规模化经营的一般纳税人（年销售额80万元以上）按销售额的13%抵扣进项税额后缴纳，虽然允许其凭农民合作社开具的发票或自行开具的收购发票进行抵扣，但在操作中由于税务部门为避免征管漏洞设定了很多限制（如不能跨省开具收购发票、规定发票限额等），手续繁琐，缴税成本高，抵扣困难，造成大型流通企业实际税负过重，甚至超过10%。这样，大公司大企业从事农产品流通业与小规模经营户税负严重不平等，无法开展公平竞争，从而限制大公司大企业从事农产品流通业。
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“因此在免征蔬菜流通环节增值税过程中，受益的还是大型商超和将蔬菜配送到大型超市、卖场的蔬菜配送企业”，耿书海表示。
业内人士表示，对于一家年营业额在1000万左右的蔬菜配送公司，如果免交增值税，一年就可以节约超过100万元。
耿书海指出，这项政策还有助于熨平农产品价格波动。近年来我国多地出现“菜贱伤农”和“菜贵伤民”交替局面。而“农超对接”有助于解决该问题。“农超对接”是发达国家普遍采用的现代流通方式。欧洲的蔬菜80％都是通过十几家大型连锁超市销售出去的，超市与农民合作社签订购销合同，合作社按照合同组织农民进行生产，并按照不同的时间和品种组织收购，生产出来的蔬菜经简单加工包装预冷处理后直接配送到超市销售，环节少，规模大，成本低，按订单生产，产销衔接紧密，价格非常稳定，蔬菜从农场售出价格和超市价格一般相差20%左右，不存在“卖难买贵”和价格大起大落的问题。但目前这种方式在我国仅占全部农产品流通量的15%左右，70%以上的鲜活农产品要经过农民经纪人——产地批发市场——销地批发市场——农贸市场等多个环节，才能进入终消费，经营的规模小，成本高，造成零售价格较收购价格成倍上涨。目前我国鲜活农产品的流通80%主要依靠小规模的农民经纪人、个体户和小贩，缺乏大规模的大公司和大企业。以北京新发地农产品批发市场为例，注册经销商达5500个，其中75%为个体户，经营主体规模小，数量多，且流动性大，品牌建设滞后。
虽然部门组织经常引导大型超市进行产销对接，要求“农超对接”试点企业积极履行社会责任，把采购价格维持在合理水平。但这种仅凭行政指令所达成的农超合作只能应急而无法长效，治标而不治本。农户迫切希望获得稳固的销售渠道，以求在变幻莫测的农产品市场中取得稳定的收益；而规模较大的连锁超市也希望寻求稳固的生鲜供应链。“通过税收等经济政策引导农超有效对接，将稳定农超合作关系，而大型企业的介入，将会成为熨平整个市场物价大起大落的长效机制”，耿书海表示。
